No dia 14 de Novembro de 1737, o Conde de Bobadela, General Gomes Freire de Andrade, Governador do Rio de janeiro e, interinamente, de São Paulo, escrevia ao Rei D. João V demonstrando a necessidade de fortificação da Ilha de Santa Catarina e a conveniência de submeter as terras sulinas a um comando militar único.

Em 14 de Agosto do ano seguinte, o Rei expedia Carta Régia, comunicando que havia determinado ao Brigadeiro José da Silva Paes que passasse à Ilha de Santa Catarina e nela edificasse uma fortificação, ao mesmo tempo que colocava os territórios do Sul sob a Jurisdição do Ria de Janeiro, desligando-os de São Paulo.

Manifestava-se, assim, a preocupação do governo português ante a questão de limites com o império espanhol nessa parte da América, litígio este que perduraria por quase todo o século. Silva Paes toma posse do governo da Ilha em 7 de março de 1739 e, já neste ano, inicia a construção da Fortaleza de Santa Cruz, na Ilha de Anhatomirim, que seria concluída em 1744, cumprindo assim, a decisão real.

Entretanto, ciente do extraordinário valor estratégico que os interesses lusitanos no sul – conflitantes com os dos espanhóis – conferiam à Ilha de Santa Catarina, Silva Paes dá início à construção de mais duas fortificações, além da anteriormente prevista, em 1740: São José da Ponta Grossa, na Ilha, e Santo Antônio, na Raton Grande. Deste modo, constitui-se um triângulo fortificado à barra norte da Ilha de Santa Catarina.

Em seguida, no ano de 1742, provavelmente, Silva Paes dá início à Fortaleza de Nossa Senhora da Conceição, na Barra do Sul, que completaria o que ele julgava um sistema defencivo adequado para a Vila do Desterro. No Entanto, quando entregou o governo da Ilha a Manuel Escudeiro Ferreira de Souza, em 1748, nenhuma das fortificações havia recebido equipamento bélico. O Sistema defensivo concebido por Silva Paes seria ainda incrementado nas décadas seguintes.

Entre 1761 e 1765 são construídos o Forte de São Francisco, na Praia de Fora, e a Fortaleza de Sant’Ana, na ponta da Ilha mais próxima do continente, defronte ao atual bairro do Estreito. Em 1765 é instalada a Bateria de São Caetano, quase ao lado do Forte de São Jose da Ponta Grossa, e, em 1771, começado o Forte de São Luiz, no final da Praia de Fora.

Em data incerta, anterior a 1786, é levantada a Fortaleza de Nossa Senhora da Conceição da Lagoa, fronteira à freguesia do mesmo nome, mas cujo local exato de construção é ignorado, mesmo porque de tal fortificação não restou qualquer ruína.

A respeito da eficácia do sistema defensivo descrito, a história nos fala de forma contundente: em 1777, quando a Ilha é invadida e ocupada pela esquadra espanhola de Dom Pedro de Zeballos, as suas defesas não esboçaram qualquer reação – à exceção de quadro tiros de canhão disparados do Forte de Santo Antônio por escravos – e se renderam incondicionalmente.

Mesmo assim, em 1793 é iniciada a construção de mais dois fortes: o de São João, no continente, cujos fogos deveriam se cruzar com os de Santa Bárbara, dentro da Vila do Desterro. Com eles, fechou-se o ciclo da fortificação da ilha de Santa Catarina.